虽然太平军海军的这次突袭没有造成太大损害，但给联军提了一个醒，在远东这片大洋之上，他们并不寂寞的。而太平军海军的袭击行动引起了马西莫格里将军的注意，他猜测太平天国的海军一直在他们身后尾随监视他们。
但联军没有回头搜索和歼灭太平天国海军的想法，他们现在想要的是尽快回到上海，那里有大片的租界和英法平民百姓需要他们的保护。还有香港，这颗女王皇冠上的宝石，也需要保护。
经过六天的航行之后，联军海军总算回到了长江口，崇明岛依稀在望，而陆续遇上的船只都是太平天国的缉私船，他们见到联军海军之后就“惊慌失措”的发布警告，然后一路往长江内河退去了。
到达长江入海口处时，联军遇上了选择题，他们是应该直接突入河口，然后从吴淞口突入上海内河航道呢？还是应该先找一个落脚点稍事休整，搜集情报？
这个问题在一路上英法几名海军将领就做了好多次的争吵和讨论，马西莫格里认为应该打太平天国一个措手不及，立刻突入内河，这样才能占据上风。而持重的法国人则认为应该先找一个落脚点，让大部分没有战斗能力的运输船靠岸，然后战船分批次出动，这样才能发挥最大战斗力。而在长江入海口处，最好的落脚点无疑就是崇明岛，只不过崇明岛是长江泥沙千万年来堆积起来的岛屿，没有深水港口可用，还有一处落脚点稍远一点，就是舟山群岛。
最后英国人说服了法国人，他们如果突入内河失败，再转移寻找落脚点也不迟，但如果因为迟疑而让上海的敌人有了准备，那么战争才是不好打的。
于是当天联军舰队第一分舰队开始从吴淞口突入，舰队由二十四艘战舰组成，其中英国战舰十六艘，法国战舰八艘。英国舰队由英国海军少将西摩尔指挥，下辖奥狄莎号(Audicious)，排水量为3774吨，是一艘木制蒸汽风帆混合动力战列舰，其次是“泰利亚号”(Thalea)1459吨，为巡洋舰。其它皆为炮艇及机帆炮船之属，分别是“卡亚得斯号”(Charyadies)，“摩提斯特号”(Madeste)，“朱诺号”(Juno)，“伊吉沙号”(Egesia)，“莉莉号”(Lily)，“伦达夫号”(Ringdove)，“古鲁号”(Curlew)，“洛普文号”(Lopwing)，“侏儒号”(Dwarf)，“赫尔奈特号”(Hernet)，“米吉号”(Midge)，“西斯尔号”(Thistle)，“吉斯瑞尔号”(Kestrel)，“儆醒号”(Vigilant)。
法国舰队8艘战船出战，但船型和气势就差了许多，多是炮船及机帆炮船，他们在英国舰队的左翼。
在二十多年前，英国舰队就已经闯入过吴淞口，加上后面二十多年的商贸往来，英国人已经确切掌握了吴淞口这里的水纹条件，战舰依次开入，所行航道皆按从前测定的航道而行，分毫不乱。
而吴淞口两岸却是一片静悄悄的，航道上行驶的各国船只纷纷退往避让联军舰队，并没有一艘悬挂太平天国旗帜的船只出现，岸上也没有敌人的踪影。英军舰队指挥官西摩尔闻到了一丝阴谋的味道，他通过望远镜看着吴淞口两岸静悄悄的炮台，感到了非常的不安，于是他决定暂停前进，各船按现行位置下锚定位，然后开始先轰击两岸的炮台工事。
吴淞口位于黄浦江与吴淞江汇入长江的出口处，是保卫上海和长江门户的首要阵地。从吴淞镇到宝山县城六七里长的江岸上，二十多年前陈化成部清军在这里抵抗过英军的入侵，后来太平军一直在加固这里的沿岸炮台，原来西岸筑土塘炮台26座，既可御敌，又能藏身，俨如一道长城。后来太平军用花岗石于长条青石做了炮台加固，外面还是覆上厚厚的黄土，看起来还是土制结构的炮台，内里一共安炮154门，统称西炮台。在吴淞口的东岸筑有一略成圆形的炮台，也是花岗岩石结构，安炮57门，称为东炮台。
下午一时许，英军战舰奥狄莎号抢先开始了火炮的齐射，打响了联军返回上海的第一炮。但开打前，联军上下对上海的情况一无所知，更不知道有多少太平军在这里等待着他们……
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