其中，投入了150万两银子，建立了一座“皇家军校”，被皇帝给予了厚望。
皇家军校的校长是帝师孙承宗老先生，前半生是文臣，乐意提拔后进，明末很多的文官，都是孙老头提拔的。而后半生，努尔哈赤起兵造反后，孙承宗意识到鞑子将会酿成滔天大祸，从而开始督师关外，与鞑子征战几十年，写下《督师全书》、《车营扣答合编》等等军事著作。
其中，《车营扣答合编》全书共一百零八个问答，由《车营总说》、《车营百八扣》、《车营百八答》和《车营百八说》等四部分组成，通过问、答、说、图等对车营编组方法、营阵布列、 行军作战、后勤保障等问题，作了详细的分析和解说。在作战指导思想上，很重视发挥火器的作用与各兵种的协同动作。如说：“用车在用火”，“用火在叠阵”。 所谓“用火”即是发扬火力；所谓叠阵即步、骑、炮重叠配置，彼此协同，长短相补。战斗队形也要因地制宜，灵活机动地使用方、圆、曲、直、锐等各种队形，向 人们展示了火器和冷兵器并用时代，步、骑、炮等诸兵种协同作战的雏形，在军事思想发展史上，具有重要的史料价值。
因为，孙承宗的《车营扣答合编》并不考虑成本，仅仅从军事角度探讨17世纪的火器部队，能够达到的极限。
但是明朝末年，既没有宽裕的财政，底层军官基本素质普遍是不合格的。而且，孙老头一心报国、灭虏的志向，与辽东混日子的军阀**们的想法产生严重抵触。辽东的哪些官兵们，仅仅是接着抵抗鞑子为名义，在关外囤地发财，这些**对于和鞑子拼命，并不感冒。孙承宗有理想有抱负，但是遇到一群混日子，暗中扯后腿的军阀式官兵，两次督师皆不能完成自己的梦想。
而此时，崇祯皇帝令人请孙老头出山，提出只有培养出一批军事素质过硬，忠君爱国，不怕牺牲的年轻军官。以这些有理想的军官作为基础，重新组建一支新式军队，才有希望消灭鞑虏、中兴大明。孙老头也觉得非常有道理，便欣然担任了南京皇家军校的校长。
南京皇家军校的门槛很高，首先要读书识字，考试的内容《孙子兵法》、《纪效新书》、《练兵实纪》三本兵书，以及弓箭、火铳、体力、格斗、冷兵器多门科目。等到正式教学时，将会以《车营扣答合编》作为正式教材，传授这些新式军官全新的军事知识。
而孙承宗的旧部，大明另外一位军事专家茅元仪，也被邀请道军校中担任教官。茅元仪在一生留下著作《武备志》，被后世誉为大明军事百科全书。里面科普性质的介绍了大量的火器、兵器的制造、使用、威力等等常识。
而皇家军校门前的对联写着：“贪生怕死，莫进此门.；升官发财，请走他路！”这幅对联，是皇帝本人御笔所书。更是吸引了大批热血青年们，参加南京皇家军校的考试。
如此高的门槛下，报名人数也达到了5000多人。而第一期的皇家军校，仅仅招生300人，对于这批学生实行两年制的军事教育。之后，孙承宗将负责，依靠这批军校生作为基层指挥官，建立“皇家新军第二师”！
现在已经很明显了——天津皇家新军第一师、南京皇家新军第二师。随着皇家新军为编制的军事单位不断的发展，传统的大明军队，无论是募兵，还是卫所兵，皆会是杂牌军队。未来，只有皇家新军的编制，才算是正规军。正规军拥有崇高的理想和素质，并且拿的薪水，也不是旧式军队可比。
而除了南京皇家军校之外，“皇城小区”、“商业街”、、“工业小区”等等三个项目，也在拆迁皇宫的基础上，破土动工。
“皇城小区”主要是开发高档住宅区，炒作皇城概念，从许多地主豪强手中圈一笔钱。而“商业街”则是准备开发店铺，用以出租牟利。“工业小区”则以振兴工商业为主，投资建成一些纺织、造纸之类的轻工业产业。
整个南京充满活力，百废待兴。但是宫殿却依然显得破旧，皇帝仅愿意简单修葺，而不会大兴土木的浪费钱。
崇祯神色庄重的望着显得破败的南京宫殿，忽的提笔写道：“钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。”
伺候在身边的王承恩，略显的惊讶道：“迁都南京后，皇上诗词水平大为进步，居然得了气势如此恢宏的诗！百万雄师过江，可是缅怀当年太祖北驱鞑虏？”
崇祯心中想道，这是后世共和国太祖，指挥百万大军消灭蒋家王朝的感慨。
当然了，迁都南京后，大明的形势，倒有点像蒋家王朝了。内部众多的军阀藩镇林立，中原有农民起义，关外有满清鞑子几十万精锐大军。而蒋家王朝之所以覆灭，主要是官僚资本的短视，哪怕是国破家亡时，也要抓紧时间捞钱，弄的民不聊生，败坏了蒋家王朝统治根基。而后世的蒋家王朝，有是依靠这些官僚地主资本支持，从而维护统治的。最终，也因为纵容这些官僚资本，黯然退下历史舞台。
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